Подготовленный холодоноситель подается от центральной системы холодоснабжения на вход вентиляторного доводчика. Миновав регулирующий клапан, холодоноситель попадает в оребрённый воздушный теплообменник, где происходит охлаждение воздуха. Далее воздух проходит через фильтр грубой очистки и поступает в обслуживаемое помещение через воздухораспределительное устройство (пленум) либо подающую решётку.
Использование малошумных тангенциальных вентиляторов позволяет устанавливать фанкойлы в местах постоянного пребывания людей, таких как пассажирские салоны, комнаты отдыха и каюты. Мощность устройства регулируется автоматически.
Фанкойл может работать в режиме обогрева. Нагревание воздуха осуществляется с помощью дополнительного водяного теплообменника либо электрического нагревателя, установленного в воздухораспределителе (пленуме).
Возможны различные варианты заборных и подающих секций (пленумов), обеспечивающие удобство монтажа фанкойла в подволочном пространстве и эффективность воздухораспределения. Забор воздуха может быть организован как с нижней, так и с задней стороны фанкойла. Для подмешивания наружного воздуха на задней стороне устанавливается приемный патрубок.
Фанкойл оснащён поддоном, исключающим проливание жидкости при наклонах судна до 12,5 градусов (требование РМРС). Автоматический дренажный насос удаляет конденсат из поддона в шпигат или дренажную систему.